Jak krční, tak i nosní mandle se standartně operují pod celkovou narkózou. K lokální anestezii se přistupuje jen v případě, že je pro pacienta celková narkóza nebezpečná nebo na jeho vlastní žádost. Při lokální anestézii však není možné zajistit takový komfort a bezbolestnost. Chirurgické odstranění nosních mandlí se nazývá adenotomie a krčních tonsilektomie.
Průběh obou zákroků je velice podobný. Po uspání pacienta se zavede dýchací trubice do průdušnice a použije se rozvěrač. Krční mandle se mohou postupně odstranit skalpelem nebo laserem přímo, u nosních se musí odtáhnout měkké patro. U atenotomie se standardně pro lepší přehled používá endoskop, aby měl operatér přehled o celém operovaném prostoru a byly nosní mandle odstraněny celé. Výhoda použití laseru spočívá v menší krvácivosti. Bylo-li rozhodnuto o operaci kvůli spánkovému apnoe, není nutné odebírat mandle celé. Po odstranění mandlí se krvácení staví pomocí tamponů nebo elektrokoagulační pinzetou.
Doba rekonvalescence po zákroku je týden až čtrnáct dní a během tohoto období je doporučováno se vyhýbat pobytu na slunci, koupat se v horké vodě a sportovní aktivity. V prvních dnech je nutné upravit i stravu. Ta by měla být měkká a teplá, studené nápoje naprosto nepřichází v úvahu. Všechny tyto opatření jsou v důsledku minimalizování pooperačního krvácení, které se může dostavit. U nosních mandlí jsou preventivně aplikovány i kapky na pročišťování dýchacích cest.